Stefan Müller ist seit 2009 Parlamentarischer Geschäftsführer der CSU-Landesgruppe im Deutschen Bundestag. Von Dezember 2013 bis Oktober 2017 war er Parlamentarischer Staatssekretär bei der Bundesministerin für Bildung und Forschung. Müller ist seit 2002 Mitglied des Bundestages.